mutate_atで引数付き関数を使う
やりたいこと
mutateでは、関数を以下のように適用を適用することができる。
library(tidyverse) iris %>% group_by(Species) %>% mutate(Sepal.Length_lag2 = lag(Sepal.Length,2)) # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Sepal.Length_lag2 # <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <fct> <dbl> # 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa NA # 2 4.9 3 1.4 0.2 setosa NA # 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa 5.1 # 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa 4.9 # 5 5 3.6 1.4 0.2 setosa 4.7 # 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa 4.6 # 7 4.6 3.4 1.4 0.3 setosa 5 # 8 5 3.4 1.5 0.2 setosa 5.4 # 9 4.4 2.9 1.4 0.2 setosa 4.6 # 10 4.9 3.1 1.5 0.1 setosa 5
また、mutate_atではvarsに指定した列に対して関数を適用できる。funsで作成したlist(fun_list)を関数部分に用いると指定した要素名を末尾に追加した列名を追加することができる。
iris %>% group_by(Species) %>% mutate_at(vars(Sepal.Length:Petal.Width), funs('lag' = lag)) # # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Sepal.Length_lag Sepal.Width_lag Petal.Length_lag Petal.Width_lag # <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> # 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa NA NA NA NA # 2 4.9 3 1.4 0.2 setosa 5.1 3.5 1.4 0.2 # 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa 4.9 3 1.4 0.2 # 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa 4.7 3.2 1.3 0.2 # 5 5 3.6 1.4 0.2 setosa 4.6 3.1 1.5 0.2 # 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa 5 3.6 1.4 0.2 # 7 4.6 3.4 1.4 0.3 setosa 5.4 3.9 1.7 0.4 # 8 5 3.4 1.5 0.2 setosa 4.6 3.4 1.4 0.3 # 9 4.4 2.9 1.4 0.2 setosa 5 3.4 1.5 0.2 # 10 4.9 3.1 1.5 0.1 setosa 4.4 2.9 1.4 0.2
しかし、このときfunsを使った関数で引数を使おうとしても上手く動かない(何故か全てNA)になる。
iris %>% group_by(Species) %>% mutate_at(vars(Sepal.Length:Petal.Width), funs('lag' = lag(2))) # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Sepal.Length_lag Sepal.Width_lag Petal.Length_lag Petal.Width_lag # <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <fct> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> # 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa NA NA NA NA # 2 4.9 3 1.4 0.2 setosa NA NA NA NA # 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa NA NA NA NA # 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa NA NA NA NA # 5 5 3.6 1.4 0.2 setosa NA NA NA NA # 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa NA NA NA NA # 7 4.6 3.4 1.4 0.3 setosa NA NA NA NA # 8 5 3.4 1.5 0.2 setosa NA NA NA NA # 9 4.4 2.9 1.4 0.2 setosa NA NA NA NA # 10 4.9 3.1 1.5 0.1 setosa NA NA NA NA
対応策
内部的にどういう挙動になっているかよくわからないが、mutate_atの関数部分は関数か、funsのようにlistを指定する。
そのため、引数付きの関数を事前に作成して関数部分にfunsのようなlistを適用するとよさそう。
partialという関数を用いると既存関数を用いた無名関数を作成することができる。
そのため、この無名関数をfunsのように作成して関数部分に渡すことで対応ができる。
iris %>% group_by(Species) %>% mutate_at(vars(Sepal.Length:Petal.Width), list(lag2 = partial(lag, n=2))) # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Sepal.Length_la… Sepal.Width_lag2 Petal.Length_la… # <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <fct> <dbl> <dbl> <dbl> # 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa NA NA NA # 2 4.9 3 1.4 0.2 setosa NA NA NA # 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa 5.1 3.5 1.4 # 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa 4.9 3 1.4 # 5 5 3.6 1.4 0.2 setosa 4.7 3.2 1.3 # 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa 4.6 3.1 1.5 # 7 4.6 3.4 1.4 0.3 setosa 5 3.6 1.4 # 8 5 3.4 1.5 0.2 setosa 5.4 3.9 1.7 # 9 4.4 2.9 1.4 0.2 setosa 4.6 3.4 1.4 # 10 4.9 3.1 1.5 0.1 setosa 5 3.4 1.5
なお、mutate_atは前述のようにlistでhoge = 関数で渡すと適用した列の末尾にlistの要素名が_で付けることができるので上記コードもlistで渡しているが、必要ない場合そのままpartial無名関数を渡す。
iris %>% group_by(Species) %>% mutate_at(vars(Sepal.Length:Petal.Width), partial(lag, n=2)) # Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species # <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <fct> # 1 NA NA NA NA setosa # 2 NA NA NA NA setosa # 3 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa # 4 4.9 3 1.4 0.2 setosa # 5 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa # 6 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa # 7 5 3.6 1.4 0.2 setosa # 8 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa # 9 4.6 3.4 1.4 0.3 setosa # 10 5 3.4 1.5 0.2 setosa
